早在1960年，合肥工业大学就被中央指定为全国重点大学（彼时全国范围内仅有64所），而这64所高校中又包括文理（即苏联式综合类）、工科、专门性三种不同性质的高校。而在这三类高校中，又以入选文理类和工科类最为困难。

首批入选的文理类重点大学共有13所，包括北大、人大等顶尖综合性大学。而14所工科类全国重点大学中，就囊括了5所C9高校和名声赫赫的四大工学院。能够入选这一榜单，就能充分证明这所高校在工科领域内的绝对实力。后来的发展也充分的证明了这一点，几乎所有的文理类和工科类高校都入选了985工程和双一流大学A类建设高校。

遗憾的是，只有合肥工业大学没有入围这两项重点工程，甚至合工大都没有入选首批211工程建设高校。更令人疑虑的是，当时的合肥工业大学已经通过了原机械工业部组织的211工程部门预审，却最终没有出现在立项建设的名单上。为什么同时期入选全国重点大学，如今的发展却大相径庭，这一切都要从211工程立项建设开始说起。

合肥工业大学在1960-1962年曾直属于教育部，后来部委直属高校调整，合肥工业大学因其机械工业学科特色显著被划转至机械工业部直属，这为其落选首批211留下了伏笔。上世纪90年代中期，国家推出了211工程，即面向21世纪，建设100所左右的高水平院校。狼多肉少，名额有限，如何分配这些名额成为最令人关心的问题。彼时直属于教育部的高校多为综合性高水平大学，基本代表我国大学的最高水平，因此这部分高校拿走了可观的名额。然后根据地域均衡政策，又推出了“一省一校”的分配办法，这样一来，又从总名额中划走了三十多个名额。因此，留给直属于国家部委高校的名额已所剩不多。

对于其他部委来说，直属高校多为1-2所，因此确定进行211预审的学校并不困难。而对于机械工业部来说，这就成为了一个难题，因为彼时直属于机械工业部的高校多达5所。而合肥工业大学在机械工业部的排名为第三位（排在吉林工业大学（今吉林大学）和湖南大学之后），因此能否进行211工程预审成为关系到合肥工业大学发展的一个核心问题。

当时国家共有40多个部委，如果机械工业部拿走3个211工程的名额，那么势必将挤压其他部委的名额。但考虑到合肥工业大学的办学实力，当时机械工业部的负责人还是顶住压力，坚持对合肥工业大学进行了211工程预审。遗憾的是，为了均衡各方面，通过了211工程预审的合肥工业大学还是没有出现在首批211工程立项建设的名单之上。

因此合肥工业大学落选211与安徽真的没有关系，合肥工业大学原是机械工业部直属高校，后又转为教育部直属，因此推荐合肥工业大学进入211确实不是安徽方面所能左右的。因此，安徽省推荐安徽大学作为本省一省一校的代表进入211工程也就是在情理之中了。

落选首批211工程对合肥工业大学的打击是巨大的，根本原因在于许多办学实力不如合肥工业大学的学校入选了这个名单。出于安抚这些学校的考虑，教育部及一些领导多次强调：

实施“211工程”，由于因素很多，不能把进不进“211工程”作为衡量一所学校办学水平的标志，更不能把它看作是重点大学的重新排队。

值得感动的是，虽然没有首批进入211工程，但机械工业部和安徽方面仍然表态，要全力推动合工大滚动进入211工程。